Debido a un incumplimiento de metas, así como un inadecuado manejo de los recursos asignados, ello con base en un análisis de presupuesto referente al Fondo PyME y al Fideicomiso México Emprende se solicitó que ambos sean incluidos en el Programa Anual de Auditorías para la Fiscalización Superior de la Cuenta Pública 2011.